(Mitch Pileggi)

Mint volt tengerésztiszt, aki komolyan veszi a kötelességét, Walter Sergei Skinner aligazgatónak kevés türelme van Fox Mulder szokatlan nyomozási módszerei iránt. Többször figyelmeztette már Muldert és Scullyt, hogy munkájuk során kényes és veszélyes területre tévedtek, sőt, egyszer le is zárta az X-aktákat. Ám amikor Dana Scullyt elrabolták, ismét megnyitotta őket, mert mint Muldernek mondta: "Ettől félnek a legjobban", anélkül, hogy pontosan megmondta volna kik is azok az ŐK (Fel a csillagokba) .
Sohasem tiszta, hogy Skinner melyik oldalon áll és kinek a parancsait teljesíti, de Mulder és Scully érdekében tett nem hivatalos lépései nyilvánvalóvá teszik, hogy pozitívan viseltetik a két ügynök és az általuk végzett munka iránt. Ebben egy régi élménye is nagy szerepet játszik, amit Mulder halálközeli állapotnak nevezne. Miután ezt elmondta az ügynöknek, láthatóan mély benyomást tett rá, mivel Fox épp azzal foglalatoskodott, hogy felfüggessze nyomozásait és kilépjen a hivatalból (Egy lélegzet).

Amellett, hogy az FBI igazgatóhelyettesi posztján teljesíti feladatait, óhatatlanul küzdenie kell az árnyékkormány erőivel, és még a saját érdekeit is szem előtt kell tartania. Bár az is világos, hogy ezek az érdekek néhol megegyeznek ügynökeiével, hiszen a számukra hasznos információkat hajlandó a már említett, nem hivatalos csatornákon keresztül megszerezni (Látogatók). Mulder és Scully a legbizalmasabb ügynökei, erre utal az az eset, mikor megbízta őket egy, a személyét nagyon kényesen érintő ügy szálainak kibogozásával (Skinner őrangyala). Sajnos nem lehet mindig elég szemfüles, úgyhogy az árnyékkormány titkos embere, az Alex Krycek nevű félig orosz gazfickó be tudott férkőzni az Irodába. A Cigarettázó Férfi és “alkalmazottai” iránt érzett dühét néha képtelen visszafojtani. Nem rávalló módon beolvasott az állandóan füstölő, titokzatos férfinak (Gemkapocs akció), Kryceket pedig keményen megverte (Tunguzka). Erőfeszítéseinek eredményeképp szinte gyülekeznek körülötte az árnyékkormány ellenlovasai, és Kryceknek egy olyan fegyvere is van ellene, amely ellen képtelenség védekezni: az ügynök kezében van egy távirányító, amellyel a Skinner vérében lévő nanorobotokat tudja irányítani.

Habár sosem volt meggyőződve Mulder földönkívüli elméleteinek helytállóságáról, maga is meglepve nézte a fényes objektumot, amely elragadta Muldert (Requiem). Amikor Scullynak mesél erről, azt mondja: "Egyszer majd megkérdezik, mit láttam és amit láttam azt nem lehet letagadni. És én nem is fogom."